义熙七年正月己未日，刘裕在京师整顿军队，朝廷改授他为大将军、扬州牧，赐予他带剑的武士二十人，原来的官职都照旧，刘裕坚决推辞。凡是在南北征战中战死的人，都一一上报朝廷给予财物助丧。尸体还没有运回来的，派军队的主将去迎接，送回他们的家乡。二月，卢循到达番禺，被孙季高打败，收拢残余部众向南逃走。刘藩、孟怀玉在始兴斩杀了徐道覆。
东晋自从中兴以来，治理的纲纪大为松弛，有权势的豪门兼并土地，以强凌弱，百姓流离失所，无法保住自己的产业。桓玄很想加以改革，最终没能施行。刘裕担任辅政大臣之后，大力宣示法规准则，豪强们都敬畏守法，远近的人都知道禁令的威严。到这时，会稽余姚的虞亮又藏匿了一千多名逃亡的人，刘裕诛杀了虞亮，罢免了会稽内史司马休之。
晋安帝又重申之前的任命，刘裕坚决推辞。于是朝廷改授他为太尉、中书监，刘裕这才接受任命。他奉还黄钺，解除冀州刺史的职务。交州刺史杜慧度斩杀了卢循，将他的首级传送到京师。在此之前，各州郡所举荐的秀才、孝廉，大多名不副实，刘裕上表晋安帝，申明旧有的制度，按照旧例进行策试选拔。
征西将军、荆州刺史刘道规患病，请求回到京师。义熙八年四月，朝廷改授他为豫州刺史，让后将军、豫州刺史刘毅代替他担任荆州刺史。刘毅和刘裕一同举起义旗，兴复晋室，他自认为在京城和广陵的功业足以与刘裕相抗衡。虽然在权力事务上推让给刘裕，但内心并不服气。刘毅有雄才大略，对自己评价很高，朝中那些有声望的人士大多归附他。他与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施交情深厚，相互勾结。等到他向西镇守江陵时，将豫州原来的属官，大多割取过来跟随自己，并请求让郗僧施担任南蛮校尉。刘裕知道刘毅不甘心居于人下，最终会成为祸患，暗中谋划对付他。刘毅到了西边之后，声称病情严重，上表请求让他的堂弟兖州刺史刘藩担任副手，刘裕假装答应了他。九月，刘藩入朝，刘裕命令逮捕刘藩和谢混，在狱中赐他们自尽。刘裕亲自上表请求讨伐刘毅，朝廷又授予他黄钺，他率领各路军队西征。任命前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史刘道怜镇守丹徒，豫州刺史诸葛长民监理太尉留守府的事务，加任太尉司马，丹阳尹刘穆之担任建威将军，并给他配备了实际的兵力。壬午日，刘裕从京师出发。派参军王镇恶、龙骧将军蒯恩先去袭击江陵。十月，王镇恶攻克江陵，刘毅及其党羽都被处死。
十一月己卯日，刘裕到达江陵，颁布文告说：
去除弊端、拯救百姓，必定要心存简约宽容，舍弃繁细的法规，修订重要的纲纪，这样即使事务繁多也容易治理。江、荆二州衰败残破，刑法政令多有缺失；近年来又有变故，安抚不够周全。于是使得百姓疲惫匮乏的状况，一年比一年严重，财物受损，劳役困苦，百姓担心无法生存。在衰败残破的情况下，赋税却不减少，剥削搜刮，不遵循为政之道。治理地方的官员，有的不是贤能之人，不能做到自身节俭，却只求满足私欲，积久成习，渐渐不知道改变。
最近因为军事行动，来到江、荆二州，踏上这片土地，亲近百姓，更加了解他们的疾苦；想要救济他们的急迫需求，抚恤他们的痛苦。凡是租税和劳役，都应该以现有的民户为依据。州郡县的屯田、池塘、关塞等，那些不是军国所需，而利益却归地方官员的，现在一律废除。州郡县的官吏，都依照尚书省的规定，按照实际民户数量设置。朝廷征调癸卯年的梓材、庚子年的皮毛，可以全部停止，另外商量征收的物品。巴陵地区的均折度支，依旧按照军队运输的旧例办理。赦免五年以下徒刑的罪犯，凡是因为犯罪而被拘押的贼寇家属，也全部释放。
把荆州的十个郡划分为湘州，刘裕于是进任都督，任命西阳太守朱龄石为益州刺史，率领军队讨伐蜀地。朝廷进封刘裕为太傅、扬州牧，加赐羽葆、鼓吹仪仗，带剑的武士二十人。
义熙九年二月乙丑日，刘裕从江陵回到京师。当初，诸葛长民贪婪、淫乱、骄横，让士人和百姓深受其苦。刘裕因为他曾一同举义，所以宽容了他。刘毅被诛杀后，诸葛长民对亲近的人说：“当年刘邦把彭越剁成肉酱，今年刘裕诛杀了刘毅，灾祸就要降临到我头上了。”于是打算作乱。刘裕预定了到京城的日期，却常常拖延不进，公卿以下的官员连日在新亭迎接等候，诸葛长民也多次出城迎接。后来刘裕乘坐轻舟秘密到达，已经回到东府了。诸葛长民来到东府门前，刘裕把他引进来，屏退旁人，和他密谈，凡是以前对诸葛长民没有说尽的话，这次都和他谈到了；诸葛长民非常高兴。刘裕事先已秘密命令身边的壮士丁旿等人从帐幔后面出来，在座位上把诸葛长民拉倒。诸葛长民摔在床下，又在地上殴打他，诸葛长民死在床边。刘裕让人把尸体抬到廷尉那里；并诛杀了他的弟弟诸葛黎民。丁旿勇猛有力气，当时的人为此编了一句话说：“不要专横跋扈，会交给丁旿处置。”
在此之前，山林湖泊、河流沼泽，都被豪强所独占，平民百姓砍柴、捕鱼，都要缴纳赋税，到这时刘裕下令禁止了这种情况。当时百姓的居住地不统一，刘裕上表说：
臣听说先王治理天下，九州井然有序；划分疆界，使百姓各自安居乐业；在过去的盛世，百姓没有迁徙的产业，所以井田制在夏、商、周三代得以兴盛。秦朝变革了这一制度，汉朝也没有改变；于是出现了富强之家兼并土地的弊端。然而全国没有受到过多扰乱，人们的居住状况形成了旧有的格局，在西汉时期，大规模迁徙田氏、景氏家族，来充实关中地区，就把三辅地区当作他们的家乡，不再把他们和齐、楚之地联系起来。自从永嘉年间百姓流离失所，流落到淮河、大海一带，朝廷有匡复社稷的谋划，百姓怀有思念故土的心情，治理国家的规划，每天都忙不过来。因此安抚百姓、治理地方，还没有来得及做到完善。等到大司马桓温，认为百姓没有固定的产业，对治理国家的损害很大，于是在庚戌年实行土断，来统一百姓的产业。当时国家财富丰富，实际上就是因为这个措施。从那以后到现在，又过了很多年，统一的制度，渐渐松弛。百姓杂居，流民寄居，乡里制度没有得到完善，这就是王道教化不够纯正，百姓疾苦仍然存在的原因。
臣肩负重任，深感责任重大，如果不进行变革调整，就无法实现治理的目标。人的性情往往拘泥于常规，很难和他们谋划新的开始，所谓把父母所在的地方当作故乡，确实是因为在那里出生、终老，是敬爱之情寄托的地方。如今人们在一个地方居住了好几代，祖坟成行，恭敬的诚心，难道不是随着生活而产生的吗？请求按照庚戌年土断的规定来执行，希望能使百姓的本土观念得以弘扬，逐渐与实际情况相符。然后用仁义来引导他们，用武力来激励他们，越过长江、黄河，安抚九州，收复旧土，那么百姓留恋故土的志向，就能在当下迅速实现，开始时暂时辛苦一些，最终就能使事情变得容易。希望陛下怜悯天下万民，同情他们的疾苦，永远怀念《诗经·鸿雁》所表达的情怀，思考如何振兴中兴大业。既然把国家重任托付给臣，期望臣能使国家安宁，如果臣所陈述的符合您的心意，请交付外廷施行。
于是按照疆界实行土断，只有徐、兖、青三州居住在晋陵的人，不在土断的范围之内。许多流民寄居的郡县，大多被合并或撤销。朝廷任命刘裕兼任镇西将军、豫州刺史。刘裕坚决推辞太傅、州牧以及带剑武士的赏赐，奉还黄钺。七月，朱龄石平定蜀地，斩杀伪蜀王谯纵，将他的首级传送到京师。九月，朝廷封刘裕的次子刘义真为桂阳县公，以此来奖赏他平定齐国和卢循的功劳。晋安帝再次重申之前的任命，授予刘裕太傅、扬州牧，加赐羽葆、鼓吹仪仗、带剑武士二十人。一百多位将领和官吏敦促劝进，刘裕才接受了羽葆、鼓吹仪仗、带剑武士的赏赐，其他的坚决推辞。义熙十年，让百姓休养生息，减少劳役。修建东府，建造官府房舍。
平西将军、荆州刺史司马休之，身为宗室中备受倚重的人物，又颇得江汉地区百姓的拥护和爱戴，刘裕怀疑他怀有不轨的心思。司马休之兄长的儿子谯王司马文思在京师，招纳聚集了一些轻佻任侠之人，刘裕将司马文思逮捕后送还给司马休之，让司马休之自行处置。司马休之上表请求废除司马文思的爵位，并写信给刘裕表示谢罪。
义熙十一年正月，刘裕逮捕了司马休之的儿子司马文宝、兄长的儿子司马文祖，并在狱中赐他们自尽。随后，刘裕率领各路军队向西讨伐司马休之，朝廷再次授予他黄钺，并让他兼任荆州刺史。辛巳日，刘裕从京师出发，让中军将军刘道怜监理留守府的事务。
司马休之上表为自己陈述道：我听说国运并非一成不变，治乱交替出现，艰难的时期过去后，衰败到尽头就会迎来太平。从前篡逆之臣肆意叛逆，皇室纲纪断绝。然而历经十世，晋朝的国祚再次兴盛。太尉刘裕威武英明、果断行事，首先举起义旗，铲除了元凶，使皇室恢复正统。他以平民的身份，匡复了社稷，向南剿灭了卢循，向北平定了广固，千载以来，功劳无人能及。因此四海之人都称赞他的美德，朝野上下都推崇他。如今他已位居台阁牧守的高位，权势超过了君主，却不能以正道来对待自己的功劳，依仗恩宠而骄横自满。他自认为得到的酬谢和赏赐已达极致，便有了凌驾于君主之上的心思；刑罚杀戮肆意妄为，施政采用暴虐严苛的手段。他图谋篡夺皇位的迹象日益明显，作为臣子应有的礼节也完全缺失。陛下四季的膳食，常常缺乏；宫廷中的供奉，十之八九都没有。皇后卧病在床的时候，汤药都不周全；皇后亲手写的家书，大多是有所求告。这些都是朝中人士共同听闻和见到的，没有人不为此感到伤心愤慨、叹息，只是不敢说出来罢了。前扬州刺史元显的第五个儿子法兴，在桓玄之乱时，逃到了外地，道路通畅后才得以回到家乡。他作为太傅的后代，家族的传承得以延续，凡是有感情的人，谁不为此感到欣慰和庆幸。然而刘裕却心怀吞并的想法，不管事情的轻重，因为法兴聪明敏锐、智慧过人，必定会成为百姓所归心的人物；就像芳香的兰花茂盛生长，他内心却充满憎恶，于是肆意散布不实言论，将法兴无罪杀害。大司马司马德文及王妃公主，情势急迫，都狼狈地请求保全法兴的性命，刘裕却肆意施加祸毒，坚决不肯答应，那冤屈惨痛的遭遇，连路人都为之感动。他自认为地位低下却身负重任，承受了朝廷深厚的恩宠，竟然让庶出之子与司马德文的嫡女联姻，造成了这不般配的婚姻，实际上是因为威逼所致。所以卫将军刘毅、右将军刘藩、前将军诸葛长民、尚书仆射谢混、南蛮校尉郗僧施，他们有的是功勋卓著的有德之后，有的自身就有美好的声望，都是国家的辅佐之臣，是可以托付重任的人，却无罪无辜地在一朝之间被消灭。刘裕猜忌残忍的性格，自古以来都很少见。
我自认为家族门户衰败破落，依赖朝廷才得以存活，皇室对我们的重视，自古以来都难以相比。因此，无论从公从私，我都一心归附朝廷，做事也都恭敬顺从。两次被授予荆州刺史的职位，我都苦苦陈诉不愿接受。自认为才能薄弱却地位尊崇，不适合长久地担当一方的重任，多次请求解除职务，却一定不被允许。之前我携带侍奉老母，半个家眷都一同向西前往荆州，所有的子侄，都留在了京城。我兄长的儿子谯王司马文思，虽然是个年少平凡的人，大致也能避免过错和悔恨，只是他生性喜好结交朋友，不知道防范和远离不良之人，一群奸邪之人相互构陷，传出了对他不利的风声。刘裕于是杀戮人士，将司马文思远远地送回给我。我顺应他的意思，上表送交奏章，请求废除司马文思的爵位，改由他人承袭大宗之位，还派儿子司马文宝送女儿东归。自认为已经做到了推心置腹、恭敬顺从，情理上不过如此了。没想到刘裕却包藏祸心，竟然对我进行讨伐，还恶意中伤司马文思，罗织罪名。那些小人的言论，远近都在纷纷传播，而我单纯愚昧，暗自相信这些一定不是真的。不久，我府中的司马张茂度匆忙向东逃归，南平太守檀范之也在这个月的三日抛弃郡守之职叛逆，随后有确切消息传来，刘裕的东军已经前来。刘裕这次的举动，并非是与我有什么怨仇憎恶，只是因为我身为王室的重要成员，位居藩镇要职，当时的贤才已经被他除尽，只有我独自留存，他谋划着要消灭我，以实现他篡权杀戮的目的。镇北将军刘宗之、青州刺史刘敬宣，也都是刘裕深深忌惮的人，他想要依次铲除他们，然后篡夺皇位，这样做起来就会容易一些。
如今荆、雍地区的义兵，不用召集就聚集起来了，那些主动前来效力的民众，聚集得如同树林一样多，这哪里是我没有德行能够招致的呢？大概是祖宗七庙的神灵，道理贯通了幽冥和显世，我便授予司马文思振武将军、南郡太守的职位，刘宗之的儿子竟陵太守鲁轨进号为辅国将军。我如今与刘宗之亲自率领大军，出兵占据江津，按兵不动、展示军威，根据情况随时应对。如今我军旗所指向的，只有刘裕兄弟父子罢了。等攻克消灭了寇逆之人，我会接着迅速上报消息。因为我自身的软弱，导致刘裕骄横欺凌，对上有愧于祖宗，对下有愧于百姓，实在是无地自容。
司马休之的府录事参军韩延之，曾是刘裕的旧部，是个有才干、能办事的人。刘裕还没到达江陵的时候，秘密写信给他说：“司马文思的事情缘由，远近的人都知道，去年秋天派康之把他送还给司马休之，这已经是我出于极度公正的做法了。然而司马休之却一点也不谦逊、愧疚，又没有上奏表章和奏疏，司马文思经过纠正却仍不改正，这是天地都不能容忍的。我接受命令向西讨伐，目标只是司马休之父子罢了。那个地方的侨居之人和旧有居民，都是被他们驱使逼迫的，我一概不追究。往年郗僧施、谢邵、任集之等人，多年来相互勾结，专门做刘毅的主谋，才导致了那样的结果。你们这些人，当时是一时被逼迫，原本没有丝毫过错。我以诚心对待事物，是有缘由的。如今我就在附近的路上，正是你们这些人归降于我的时候。如果大军前进，双方交锋作战，到那时我实在无法区分谁好谁坏了，所以把我的意思详细告知你，也请你传达给有同样想法的人。”
韩延之回复道：
承蒙您亲自率领兵马，远行来到西边的区域，整个辖区的士人和平民，没有不震惊害怕的。为什么呢？是因为不知道您出兵的名义罢了。如今有幸收到您的来信，才知道是因为谯王之前的事情，实在是让人更加叹息。司马休之身为平西将军，心怀国家，忠诚坚贞，以真诚宽厚之心对待他人，这种品德应当在古人当中去寻找。因为您有匡复国家的功勋，国家和家族都仰赖您，他推崇您的品德，托付诚心，每件事都向您咨询、仰仗您。谯王之前因为一些小事被弹劾，尚且自己上表请求逊位；何况是犯了大错，又怎么能默默无言呢！只是康之前次的话没有把事情说尽，所以又派胡道去详细说明心中所想。胡道还没回来，司马休之就已经上奏表请求废除谯王的爵位，他没有说尽的，只是自己的性命罢了。从他对您的托付和相互的情谊来看，难道不就应该这样做吗？有什么不可以，您却要兴兵讨伐呢。自从您举起义旗掌握权力以来，四方的地方长官，谁敢不先和您商量，就直接上表给天子呢？谯王被宰相斥责，又上表请求废除他，所谓的公正到底在哪里，上奏表的缘由又是什么，真可谓是“想要给人加上罪名，还怕没有言辞吗”！
刘裕足下，天下的人，谁不清楚您的心思，而您还想要欺骗天下的贤能之士！天地所不能容忍的，是在您那边而不是在我们这边。您来信说“以诚心对待事物，是有缘由的”。如今您讨伐别人的君主，用利益去诱惑他人，这可真称得上是“以诚心对待事物，是有缘由的”了。刘藩死在宫门之内；诸葛长民死在您身边的人之手；用好听的言辞欺骗地方长官，再派轻装的军队袭击他们，于是使得宴席之上没有诚心归附的人，在外的诸侯没有能自信的，把这些当作计策，实在是可耻。您府上的将佐以及朝廷的贤德之人，只能寄托着性命过日子，心里盼望太平已经很久了。我确实才能低劣，但曾经也从君子那里听闻过道义。以司马休之如此高尚的品德，难道会没有愿意为之效命的臣子吗！我不能自己投身虎口，与郗僧施、任集之之流同流合污，这是很明显的。假如上天让丧乱长久持续，各种流俗浑浊不堪，我也会与臧洪一样，即便身死也坚守道义，就不再多说了。
刘裕看了信后叹息不已，把信拿给各位佐吏看，说：“侍奉别人就应当像韩延之这样。”三月，刘裕的军队驻扎在江陵。当初，雍州刺史鲁宗之常常担心不被刘裕所容纳，便与司马休之相互结交，到这时他率领儿子竟陵太守鲁轨在江陵会合。江夏太守刘虔之半路拦截他们，战败被杀。刘裕命令彭城内史徐逵之、参军王允之从江夏口出兵，又被鲁轨打败，两人都战死了。当时刘裕的军队停泊在马头，当天他就率领各路军队渡过长江，亲自督促各位将领登岸，将士们无不奋勇争先。司马休之的军队溃败，他与鲁轨等人逃奔襄阳。江陵平定后，刘裕兼任南蛮校尉。
刘裕将要接受任命的时候，正赶上四废日，佐吏郑鲜之、褚叔度、王弘、傅亮建议他改个日子，刘裕没有答应。他发布文告说：“这个州积累了很多弊端，变故接连不断，百姓疲惫，田地荒芜，百姓家中织布机上空空如也，十分匮乏。再加上旧有的规章制度混乱不清，劳役频繁而困苦，儿童被夺去抚养的机会，老人和小孩都要服兵役，空无一人的家庭也要服役，有的人甚至在守丧期间就被征召，我常常心怀百姓的疾苦，半夜都睡不着觉，确实应该废除苛政，弘扬简约和仁惠。希望让衰败的风气和弊政，随着这次变革而更新，使社会安定统一的教化，能在一个月内得以实现。荆、雍二州，西局、蛮府的官吏以及军人中年龄在十二岁以下，六十岁以上的，还有那些抚养孤儿、幼童的，以及家中只有一个男丁且遭遇重大艰难的，都一概遣散回家。穷困孤独无法生存的人，给予长期的救济。府州中长久以来辛勤工作的将吏，按照功劳的大小依次铨选任用；并且免除今年的租税。”
义熙十二年四月，刘裕再次率领众人进军讨伐。到达襄阳后，司马休之逃奔到羌人那里。晋安帝又一次重申之前的任命，授予刘裕太傅、扬州牧的职位，准许他可以穿着鞋子、佩着宝剑上殿，入朝拜见皇帝时不用小步快走，赞礼官在通报他的名字时不直呼其名，加赐前部羽葆、鼓吹仪仗，设置左右长史、司马、从事中郎四人。封刘裕的第三个儿子刘义隆为北彭城县公。任命中军将军刘道怜为荆州刺史。八月甲子日，刘裕从江陵回到京师，奉还黄钺，坚决推辞太傅、扬州牧、前部羽葆、鼓吹仪仗的赏赐，其他的任命则接受了。朝廷商议认为刘裕德高望重、功勋卓著，不应该再向护军府施行敬拜之礼，既然已经给予了特殊的礼遇，那么他上奏事情时就不用再称自己的名字，还任命刘裕的世子为兖州刺史。
义熙十二年正月，晋安帝下诏让刘裕依旧可以自行征辟士人，加任平北将军、兖州刺史。增加都督南秦州，总共都督二十二个州。刘裕认为平北将军府的文武官员数量少，不适合单独设置，于是撤销平北将军府，将其合并到大将军府中，任命世子为豫州刺史。三月，加任刘裕为中外大都督。
当初，刘裕平定齐国后，就有了平定关中、洛阳的想法，只是恰逢卢循进犯逼迫，所以这件事没能实现。荆州、雍州平定后，才开始谋划对外征伐的策略。正好羌人首领姚兴去世，他的儿子姚泓继位，姚氏兄弟相互残杀，关中地区陷入混乱，刘裕于是戒严准备向北讨伐。加任征西将军、司豫二州刺史。任命世子为徐、兖二州刺史。刘裕发布文告说：“我倡导大义，首先从本州起兵，恢复了晋朝皇室的统治，于是建立了功勋。对外平定强大的敌人，对内清除奸邪不法之徒，这都是本州的百姓和同僚们竭诚尽力的结果。他们的情谊如同风霜般高洁，道义贯穿金石。如今我将奉命向西出征，在关中、黄河一带用兵，我的儿子有幸承蒙恩宠，又忝列如今的职位，这种亲情和事务交织的情况，可以说是很深切了。近来军国事务繁忙，刑罚没有停止。想到这些，怎能不深深叹息。那些犯罪被关押五年以下的人，可以一律赦免遣返。文武官员中，功劳已满却没有得到荣耀晋升的，就按照班次依次上报。”
刘裕接受了中外都督以及司州刺史的职位，同时推辞了作为大司马的琅邪王应享受的礼敬，朝廷商议后听从了他的意见。刘裕想要凭借仁义的声名使远方的人归服，便奉琅邪王一同北伐。五月，羌人的伪黄门侍郎尹冲率领兄弟前来归顺。又加任刘裕为北雍州刺史，赐予前部羽葆、鼓吹仪仗，将带剑武士增加到四十人，解除中书监的职务。八月丁巳日，刘裕率领大军从京师出发。任命世子为中军将军，监理太尉留守府的事务。尚书右仆射刘穆之担任左仆射，兼任监军、中军二府的军司，进入东府居住，总管内外事务。九月，刘裕驻扎在彭城，加任徐州刺史。
在这之前，刘裕派遣冠军将军檀道济、龙骧将军王镇恶率领步兵向许昌、洛阳进发，羌人沿途的屯守部队，都望风归降。羌人的伪兖州刺史韦华先前占据仓垣，也率领部众前来归顺。刘裕又派遣北兖州刺史王仲德先率领水军进入黄河。王仲德在东郡凉城打败了北魏军队，进而平定了滑台。十月，各路军队到达洛阳，包围了金墉城。姚泓的弟弟伪平南将军姚洸请求投降，被押送到京师，刘裕下令修复晋朝的五座皇陵，并设置守卫。
晋安帝颁布诏书说：嵩山、泰山与天相配，使得天道增辉；藩镇州郡作为国家的屏障，助力帝王成就大业。所以夏、商依靠昆吾、彭祖这样的诸侯，周朝倚仗齐、晋的辅佐。借鉴前代的典章制度，可为万代的典范，辅助治理、扶持危局，都离不开这些。
太尉刘裕是天命所生的非凡人才，智慧超凡、品德高尚、见识广博，光辉照耀四方，道德彰显宇宙。从早年开始，就为国家辛勤效力。在贼寇猖獗时，立下保全社稷的大功，实在是维系国家纲纪、为万邦所依赖的关键人物。到桓玄篡位叛逆，祸乱天下时，刘裕坚守大节，如雷霆般施展军事才能，拯救朕于危难，再造晋室王室。朕每每想到他的功勋和品德，都铭记于心。他向北平定海、岱地区，向南使百越归服，荆、雍之地俯首称臣，庸、岷一带遵循正道，平息各方祸难，遏制贼寇暴虐。后来他辅佐朝政，整顿朝廷内外秩序，复兴断绝的优良传统，延续前人未竟的事业。他秉持礼仪整顿风俗，遵循王道垂范后人，声威教化远播，深入人心。那些居住在山林海滨的部落首领，以及披头散发、额头刺青的外族酋长，都放下自身的粗陋与闭塞，经过多次辗转翻译前来朝拜，这些事迹都记载在史册中，难以尽述其详。过去永嘉年间朝廷纲纪不振，华夏大地分裂，自古以来的帝王之都，沦陷于外族之手，提及先帝园陵，全国百姓无不深切思念。刘裕心怀高远志向，迅速出兵，亲自统领诸侯，威风凛凛地进行讨伐。军队刚出发，天下为之震动；偏师先行，众多敌垒纷纷瓦解。旧都得以光复，五陵恢复祭祀礼仪，众多城池纷纷归降，无数村落相继追随。自典籍记载、人类诞生以来，功勋之高、品德之厚，从未有像他这般盛大的。
昔日周公、吕尚辅佐圣明君主，凭借天下三分的形势，执掌军权，一时之间指挥若定，都极大地拓展了疆土，跨越州郡兼并封国。就算是齐桓公、晋文公与之相比，功绩也显得逊色，然而他们也都获得了显赫的恩宠和特殊的赏赐。更何况刘裕的功绩独一无二，远超前代呢！朕常常借鉴古代的训诫，想要遵循美好的谋划。只因刘裕一直秉持谦逊退让的态度，致使朝廷未能举行隆重的册封大礼，天下百姓翘首以盼，已历多年。如今国家版图统一，九州文化相同，论功行赏之时，天下人都在期盼。若是仍任由刘裕谦逊推辞，将严重违背国家典章。天地人神都关注此事，朕实在深感惶恐。理应顺应众人期望，尊崇盛大的典礼。因此晋升刘裕为相国，总管百官，兼任扬州牧，封十个郡为宋公，赐予九锡之礼，加赐玺绶、远游冠，地位在诸侯王之上，加赐相国绿綟绶。
策书里还提到：朕资质浅薄，继承宏大基业，然而后羿般的逆臣桓玄趁机作乱，颠覆王室，朕被迫逃到南方边境，迁徙至九江。祖宗的祭祀断绝，人神失去正常的秩序，贼寇横行，朕只能在江边暂求生存。祖宗的大业，就此坠落，七百多年的国祚，几乎倾颓，朕如深陷深渊大海，不知如何是好。上天不绝晋朝，孕育出杰出的辅佐大臣刘裕，他重振松弛的纲纪，重建国家，使灭亡的得以复兴，使昏乱变为清明。如此卓越的功勋和高尚的品德，朕实在仰赖。如今将授予刘裕典策，希望他恭敬地听从朕的命令：
当初桓玄肆意篡位，罪恶滔天，妄图颠覆晋朝根本，扰乱天地秩序，百官无奈低头，四方无人救援。刘裕精神可贯通朝日，气势能直冲霄汉，奋起军事才能，大力歼灭众多邪恶势力，收复京城，让皇帝得以重享祭祀，神灵得以歆享供奉。这是刘裕始于勤王的大节。他受命统帅各路诸侯，逆江而上，长途奔袭，在峥嵘洲大败敌军，在南郢献上捷报，首恶桓玄被斩首，群逆全部被平定，日月星辰重放光彩，国家恢复旧观。这又是他的功劳。他出则为藩镇，入则辅朝政，大力辅佐朕，使国家财富丰足、百姓安居乐业，编入户籍的人口逐年增加，疆土日益拓展，以德引导、以刑明法，四境安宁。这又是他的功劳。鲜卑人凭借人多势众，在三齐地区僭越称帝、盗据土地，像恶狼般吞噬冀、青之地，侵扰沂、岱一带，倚仗地势偏远险阻，长期为害边境。刘裕整治兵马，深入远方疆土，攻城器械四面合围，众多城防纷纷崩溃，僭越称帝的贼寇，被依法处决，开拓疆土三千，声威远扬至大漠。这又是他的功劳。卢循凶恶如妖，在五岭伺机而动，乘虚叛逆，侵犯江、豫地区，战旗直逼京城，箭矢射到皇宫，朝野上下沮丧恐惧，人心惶惶，百姓纷纷提出迁徙的计策，国家也商议迁都的规划。刘裕乘车南渡，义愤之情溢于言表，内心沉稳坚定，视危险如平地，施展谋略、运用奇计，非凡的智谋举世罕见，狡猾的贼寇走投无路，连夜弃旗逃窜，使京城免于覆灭。这又是他的功劳。刘裕乘胜追击，在江边挥舞战旗，偏师渡海，迅速抵达。番禺之战，俘获敌人数以万计，左里大捷，贼军如鱼散鸟飞般溃败。贼首远逃，首级被传送万里，海南得以肃清，偏远地区纷纷来归附。这又是他的功劳。刘毅叛逆跋扈，在西夏之地挑起事端，欺上罔主，肆意施行奸恶暴行，纠集党羽，扰乱京城。刘裕依法惩治，不久便将其消灭，战船如闪电般溯流而上，神兵像狂风扫落叶般迅速平定，罪犯被擒获，荆、衡地区恢复太平。这又是他的功劳。谯纵凭借叛乱，窃据一方，阻碍王道教化，三巴地区沦陷。刘裕指挥偏师，授予良策，军队凌波破浪，抵达蜀地，僭越称帝的贼寇伏法，梁、岷地区纷纷归降。司马休之、鲁宗之拥兵自重，在国内挑起事端，驱使荆、雍二州的兵力，联合起来发动叛乱。刘裕当机立断，星夜出兵，施展高超谋略。在江津的战事中，军队行动比风雨闪电还迅速。回师沔川时，强大的声势让敌人极为震惊恐惧。这两个叛贼逃窜奔逃，荆、雍二州的百姓终于摆脱苦难，重获生机。刘裕的恩泽如春雨滋润万物，和煦之风悄然吹遍大地。这又是他的功劳。
永嘉年间，晋朝气数衰落，四方夷族在中原肆意妄为，五都分崩离析，先帝陵寝受辱。祖宗怀着遗恨，百姓也有思念旧国、渴望复兴的心情。刘裕心怀像伊尹拯救百姓那样的仁心，又有像齐桓公以国家衰亡为耻的志向。他整顿军队，大举北伐，分别命令众将领向北攻占司州、兖州。许昌、郑州等地的敌军望风而降，巩县、洛阳得以光复。那些伪政权的州牧和叛逆的藩王，纷纷拱手请罪。百年来的荒芜与耻辱，在一朝之间被彻底扫除。这又是他的功劳。
刘裕有安定天下的卓越功勋，又有高尚的品德。从最初发迹开始，他的奇谋就超越古人。在打击强大贼寇时，锐不可当，无人能敌。平定东部地区，给百姓带来新生。在国家初创时精心谋划，多年来推行德政，教化百姓。在国家面临危难、局势动荡时，他坚守正道，稳固国家根基。他整治政治秩序，使一切纳入正轨，废除繁琐苛刻的政令，政令简明划一。美好的风气和教化，充满整个天下。所以远方的国家献上珍宝，偏远的少数民族前来进贡，国家政令所到之处，各方都纷纷顺从。即使是大禹的德政传播四方，咎繇推行德教，也比不上他。
朕听闻古代先王治理天下时，重用功臣、尊崇贤才，分封诸侯、赐予土地，用恩宠和礼仪表彰他们，让他们享有特殊的待遇，目的是让他们辅佐皇室，使藩国永远稳固。所以鲁国的曲阜得到开拓，势力扩展到徐州一带；齐国的营丘面向大海，疆土辽阔闻名四方。在周襄王时期，也依靠霸主匡扶，又赐给晋文公特殊礼遇。刘裕的品德超过前代，功勋空前绝后，但特殊的典章待遇还未赐予，朕深感不安。如今晋升刘裕为相国，把徐州的彭城、沛、兰陵、下邳、淮阳、山阳、广陵，兖州的高平、鲁、泰山这十个郡，封刘裕为宋公。赐予他黑色的土地，用白茅包裹，确定他的封国居所，建立国家社稷。昔日晋、郑作为藩国，入朝担任卿士；周公、邵公担任太保太傅，出京统领南方事务，朝廷内外的重任，刘裕如今都承担起来。朕命使持节、兼太尉、尚书左仆射、晋宁县五等男湛授予刘裕相国印绶和宋公玺绂，使持节、兼司空、散骑常侍、尚书、阳遂乡侯泰授予宋公象征土地的白茅和金虎符第一至第五左、竹使符第一至第十左。相国之位总揽一切，礼仪超越朝中百官，日常称呼也应随着职位改变。让相国总管百官，去掉“录尚书”的名号。上交之前所授予的符节、侍中貂蝉冠、中外都督以及太傅太尉印绶、豫章公印策。晋升刘裕为扬州牧，兼任征西将军、司豫北徐雍四州刺史，职位依旧。
刘裕严守礼仪制度，成为天下的楷模。行为正直，坚守正道，志向坚定不移。因此赐予刘裕大车、兵车各一辆，黑色公马八匹。刘裕抑制商业，重视农业根本，农业生产繁荣，粮食储备充足。所以赐予他衮冕礼服，配上红色鞋子。刘裕禁止邪恶，接纳正气，移风易俗，培育万物，如同音乐般和谐。因此赐予他轩悬之乐和六佾之舞。刘裕宣扬美好的王道教化，传播良好的风气，华夏和夷族都翘首以盼，远方的人纷纷前来归附。所以赐予他朱红色大门的府邸居住。刘裕公正任用贤能之人，网罗被埋没的人才，让有才能的人从民间走入朝堂，使朝堂之上人才济济。因此赐予他登殿的台阶。刘裕处于国家权力中心，以道义率领臣下，遏制贼寇，清除苛政和邪恶。所以赐予他三百名虎贲卫士。刘裕严明刑罚，慎重对待刑狱，断案公正，对违抗命令、触犯法纪的人绝不姑息。所以赐予他斧、钺各一把。刘裕如龙凤般矫健，志向远大，囊括四海，御敌于国门之外。因此赐予他红色的弓一张，红色的箭一百支，黑色的弓十张，黑色的箭一千支。刘裕温和恭敬，孝顺父母，虔诚地祭祀祖先，忠诚严肃的志向，成为天下的榜样。所以赐予他香酒一卣，配上玉制的酒勺。宋国设置丞相以下官员，一律遵循旧有的礼仪制度。希望刘裕恭敬地接受这些任命，顺应天命，关怀百姓，推行显著的德政，以完成高祖赐予的美好使命。
同时设置宋国侍中、黄门侍郎、尚书左丞、郎等官职，跟随大使前去迎接刘裕。桴罕的乞佛炽盘派使者到刘裕这里，请求效力讨伐羌人，被授予平西将军、河南公的职位。
义熙十三年正月，刘裕率领水军继续进发讨伐，留下彭城公刘义隆镇守彭城。军队驻扎在留城，经过张良庙时，刘裕下令说：“高尚的德行不会被磨灭，按礼义应当被记载在祭祀典册里。每当想到管仲的功绩，回顾往事就更有感触。张子房的道德仅次于那些秉持中正之道的圣贤，他的智慧与德行接近完美，顺应风云变幻，成为帝王的良师。他大力拯救乱世，消灭项羽，奠定汉朝基业，其功绩本就可与伊尹、吕望相媲美，德行堪称至仁。至于他与黄石公在圯上神奇相遇，又与商山四皓心有灵犀，或显达或隐退之间的事迹，幽深难以探究，其思想源流博大精深，难以测度其究竟。如今我途经旧地沛县，在留城停车驻足，看到张良的灵庙荒芜残破，留存的塑像陈旧模糊，追思遗迹，缅怀古人，不禁深深感叹。路过开封的人，或许会在夷门久久凝思；游览九原的人，也会对随会流连缅怀。可以重新修缮张良庙的屋椽，描绘装饰庙内的壁画，准备好祭祀用的蘋蘩和普通的水，按时进献祭品。以此抒发怀古之情，铭记他不可磨灭的功绩。”晋安帝追赠刘裕的祖父为太常，父亲为左光禄大夫，刘裕辞让没有接受。
二月，冠军将军檀道济等人驻扎在潼关。三月庚辰日，大军进入黄河。北魏的十万步骑兵，扎营占据了黄河渡口。刘裕命令各路军队渡过黄河击败了他们。刘裕抵达洛阳。七月，到达陕城。龙骧将军王镇恶砍伐树木制成船只，从黄河进入渭水。八月，扶风太守沈田子在蓝田大败姚泓。王镇恶攻克长安，活捉姚泓。九月，刘裕到达长安。长安物资丰富，国库充盈。刘裕先收缴了那里的礼器、浑仪、土圭等，进献给京师；其余的珍宝珠玉，都赏赐给了将帅。将姚泓押送到建康，在建康街市斩首。刘裕拜谒汉高帝陵，在未央殿大宴文武官员。
十月，晋安帝下诏说：
朕听闻古代先王治理天下，对上会把最高的尊号赐予有德行的人，对下会分封诸侯来褒奖功臣。所以当大功告成时，大禹获得玄圭的赏赐；天下诸侯来朝，周公旦享有龟山、蒙山的封地。那些辅佐圣主、建立功绩，辅助君王、弘扬谋略的人，按礼应当给予最高的奖赏，这种恩宠在世间极为罕见，更何况是辅佐朕这个昏庸之人，独自谋划治国方略的人呢！
朕德行浅薄，遭遇国家诸多磨难，局势如乌云雷霆般艰难，桓玄这样的逆臣篡权，朕失去京城的皇位，流亡到南方荆州，处境艰难困窘，被凶恶的叛贼控制。相国宋公刘裕，是上天赋予的睿智圣明之人，顺应天命应运而生，他的忠诚贯通天地人三界，在关键时刻弘扬大节。把朕从危如累卵的境地中拯救出来，挽回已经崩溃的国运，他的道德早已被天下尊崇，光辉照耀八方。加上他对外多次立下保全国家的功勋，对内多次平定祸乱，铲除强大的叛逆，根除奸恶势力的源头，彰显仁爱、潜藏功用的道义，使国家六府治理得井井有条，这些功绩无不广泛施行，该做的事都得以完成，其功绩已可与三皇五帝相提并论，甚至难以用典册完全记载。自从永嘉年间西晋军队覆没，已过了十多个世纪，五都分崩离析，但晋朝的正统却一直延续；只有三秦地区与朝廷隔绝，从未归服。致使羌人叛逆作乱，三代都极为暴虐，他们凭借险要的地势易守难攻，依靠函谷关的天险闭关自守，朝廷很久都没有谋划收复的策略了。刘裕顺应天命，安抚国运，彰显威严，对内洞察诸侯的心思，对外施行上天的惩罚。所以军队刚训练好，许昌、郑州的敌军就望风而降；战旗还未指向，瀍水、洛水一带的敌人就如雾气消散。使旧都的土地，再次聚集各国的车驾，东京的父老，重新看到朝廷的政令。让朕能够高坐朝堂，保住伟大的基业。因此朕借鉴前代的典章制度，广泛征求众人的意见，恭敬地赐予特殊的赏赐，开拓封疆国土。以往封赐车马的制度，相比刘裕的功绩有所不足；美誉和爵位，也未能完全彰显他的功劳。这怎么能充分表彰他的丰功伟绩，满足百姓的期望；又怎么能让他更好地辅佐京城，掌控天下呢！实在是因为刘裕常常秉持谦逊的品德，谦卑到让人难以逾越，他把晋升看作是难事，把恩宠当作忧虑。所以之前降低规格的赏赐，后面还会有新的任命。从那时到现在，刘裕的功勋更加卓著，他的声威震慑九河，魏、赵之地都已归服，回师崤山、潼关，敌人的连城如冰块消融。于是长驱直入灞水、浐水，在龙门高悬战旗，叛逆的姚泓被擒，脖子上系着绳索。百年来的祸乱与污秽，在一个早上就被涤荡干净；祖宗遗留的愤恨，在一天之内得以洗雪。踏上大禹曾经走过的地方，足迹遍布天下，远至海外，没有不臣服的。这份功绩将流传万世，国家也将永远安宁，岂是金石上铭刻的《雅》《颂》所能赞扬的，实在可以祭告神明，在嵩山、泰山上刻下铭文。
朕又听说，当周朝的德政广布远方，吉祥的鸑鷟就在岐山鸣叫；当《周南》《召南》的德教传播开来，象征祥瑞的麒麟就会出现。自从刘裕举兵北伐，直到大功告成，吉祥的征兆光彩夺目，数不胜数，岂止是远方飞来白雉、近处收获嘉禾这些祥瑞呢！朕常常仰望上天的感应，俯察人心的向背，进则考虑刘裕的道义功勋，退则思考国家的典章制度，怎么能任由刘裕谦逊推辞，而长久地搁置对他的褒奖之策呢。应当恭敬地举行隆重的礼仪，以符合天地神灵和百姓的期望。现晋升宋公的爵位为王，把徐州的海陵、东安、北琅邪、北东莞、北东海、北谯、北梁，豫州的汝南、北颍川、北南顿，共十个郡，增封给宋国。其相国、扬州牧、兼征西将军、司豫北徐雍四州刺史的职位依旧不变。
十一月，前将军刘穆之去世，刘裕任命左司马徐羡之代替他掌管留守事务。以前由刘穆之决断的重要事务，现在都向徐羡之咨询。刘裕本想在长安休养生息，进一步谋划攻打赵、魏地区，恰逢刘穆之去世，于是决定返回。十二月庚子日，刘裕从长安出发，任命桂阳公刘义真为安西将军、雍州刺史，留下亲信将领辅佐他。闰月，刘裕从洛阳进入黄河，开通汴渠后返回。
义熙十四年正月壬戌日，刘裕到达彭城，解除戒严，让士兵休息。任命辅国将军刘遵考为并州刺史，兼任河东太守，镇守蒲坂。刘裕解除司州刺史之职，兼任徐、冀二州刺史，坚决推辞晋爵。六月，接受相国、宋公、九锡的任命。下令说：“我才疏德薄，却肩负着极其重大的责任，守护藩国之位，时刻担心国家陷入危机。朝廷的恩宠隆重至极，将美名和功劳都归于我，让我与古代的齐、晋等强国之君同列，依照国家典章受赏。虽然我秉持忠诚、安守本分至今已有十年，但朝廷的任命不可更改，百官齐聚，朝廷内外的众多官员，诚挚地劝勉我接受。凭借时运带来的功绩，参与如此盛大光明的事迹，以我微薄的资质，却能与盛大的德行之事相连，日夜思考，都不知如何才能报答这份恩遇。在国家隆盛之始，想要把这份喜庆恩泽普施众人，现赦免国内死刑以下的罪犯，本月二十三日黎明之前的，全部予以宽恕。鳏寡孤独无法维持生计的人，每人赐粟米五斛。府州的刑案罪犯，也同样赦免。其余的事情，详细依照旧例办理。”晋安帝下诏尊崇豫章公太夫人为宋公太妃，世子为中军将军，作为相国府的副职。任命太尉军谘祭酒孔季恭为宋国尚书令，青州刺史檀祗为领军将军，相国左长史王弘为尚书仆射。其余百官都依照朝廷的制度设置。又下诏宋国除所封的十个郡之外，都可以自行任命官员。
在此之前，安西中兵参军沈田子杀死安西司马王镇恶，各位将军又杀死安西长史王修，关中大乱。十月，刘裕派遣右将军朱龄石代替安西将军桂阳公刘义真担任雍州刺史。刘义真返回途中，被赫连勃勃的军队追击，大败，仅只身逃脱。各位将帅以及朱龄石都战死。领军将军檀祗去世，刘裕任命中军司马檀道济为中领军。十二月，晋安帝驾崩，大司马琅邪王即位称帝。
元熙元年正月，朝廷下诏派遣大使征召刘裕入朝辅政。又重申之前的任命，晋升刘裕的爵位为王。把徐州的海陵、北东海、北谯、北梁，豫州的新蔡，兖州的北陈留，司州的陈郡、汝南、颍川、荥阳，共十个郡，增封给宋国。七月，刘裕接受任命，赦免国内五年以下徒刑的罪犯。将治所迁到寿阳。任命尚书刘怀慎为北徐州刺史，镇守彭城。九月，解除扬州牧之职。十二月，皇帝赐予刘裕天子规格的礼仪，冕冠上垂十二旒，可树立天子旌旗，出入要清道警戒，乘坐金根车，由六匹马拉车，配备五时副车，设置旄头、云罕等仪仗，乐舞用八佾，宫殿中设置钟虡。晋封王太妃为太后，王妃为王后，世子为太子，王子、王孙的爵位名号，一切依照旧有的礼仪。
元熙二年四月，朝廷征召宋王刘裕入朝辅政。六月，刘裕抵达京师。晋恭帝将皇位禅让给刘裕，诏书说：
天地初创之时，便设立君主来治理万民，目的是协调天地人三界，统领天下施行教化。所以在大道施行的时代，选拔贤能之人，王朝的兴衰没有固定的期限，禅让帝位也并非出自同一宗族，历经百代帝王，由来已久。晋朝国运衰落，接连几代多有变故，到了元兴年间，祸难累积，以至于日月星辰改变位置，上下颠倒，安帝流亡，祖宗的祭祀断绝，那么我晋朝宣元以来的国祚，便永远地坠落在地，环顾天下，已然摇摇欲坠。相国宋王刘裕，天生具有圣德，军事才能卓越，举世无双，他力挽狂澜，复兴华夏，本就有兴灭国、继绝世，拯救天下于危难的大功。至于他仰观天文，使日月与五星运行有序，征伐叛逆，开拓恢复疆土。于是三次俘获伪国君主，光复五都，那些颜面有纹饰、身着草服之地的部落，以及北方荒漠的酋长，无不向往南朝，沐浴在他的恩泽之下。所以麒麟、凤凰、龟和龙四种祥瑞显现，山川呈现出预示国运的征兆，吉祥的征兆纷至沓来，美好的应验显著昭彰，天象显示改朝换代的时机已到，华夏与外族都倾注了乐于推举新君的心愿。换代的符命，在天地间彰显，就像乌鸦寻找栖息之地，自然会落在贤明之人身上，这哪里只是像东汉延康年间禅让于魏、曹魏咸熙年间禅让于晋那样简单呢！
昔日汉朝国运衰微，魏武帝奠定了大业基础；曹魏国运不济，晋宣帝、晋景帝、晋文帝辛勤努力。所以天命所归，确实自有定数。朕虽然平庸愚昧，不明大道，但长久地观察朝代的兴衰，已有很长时间了。顾念唐、虞、夏、商四代禅让的高义，考察天道与人心的期望，我将退位迁居别宫，把皇位禅让给宋王，一切依照唐尧禅位给虞舜、东汉禅位给曹魏、曹魏禅位给晋朝的旧例进行。
诏书起草完成后，呈送给晋恭帝让他抄写，晋恭帝当即拿起笔，对身边的人说：“桓玄当权的时候，天命就已经改变，又被刘公延续了将近二十年。今天这件事，我本就心甘情愿。”甲子日，颁布策书说：
告知宋王：远古时代万物起始，太过悠远，其详情已无法得知。从有文字记载以来，直到三皇五帝时期，无不是以上等的圣人君临天下，停止战争以定大业。那么帝王，是治理天下的关键人物；为君之道，是天下最为公正的。过去的时代，深刻地领悟了这个道理，所以天命终结时，唐尧、虞舜不能把帝位传给自己的子嗣；符命降临，虞舜、夏禹也不能成全自己谦逊的心愿。这是用来协调天地人，使伦常教化井然有序，成为万古的典范，流传万代的风尚，没有比这更重要的了。从此以后，历代都更加崇尚这种做法，汉朝继承了唐尧的德政，曹魏也与虞舜并驾齐驱。这确实是因为顺应了人神的意愿，而把百姓放在心中。
昔日我的祖宗圣明，居于皇位，然而明暗交替，盈亏有定数。从当初周武王伐纣就已预示晋朝的灾祸，并非一朝一代的事，过去都不能避免，何况在今天，上天要废弃晋朝，由来已久。宋王你具备上等圣人的资质，蕴含天地的德行，光明如同日月，道义合乎四季。从前国家倾覆，是你拯救并保存了它；中原荒芜阻塞，又是你救济并复兴了它。那些负隅顽抗、不臣服于朝廷，冒犯法纪、违抗命令，肆意叛逆、罪恶滔天，窃据万里土地的人。你无不以风雨润泽他们，以雷霆震慑他们。九伐的原则已经施行，八法的教化自然得以治理。这哪里只是广泛地施恩于百姓，救济这些民众；本就已经使道义遍及四海，威望震慑八方了。至于上天显示征兆，四灵呈现祥瑞，图谶的文字已经明示，人神的期望已经改变；百官在朝堂歌颂，百姓在民间传颂，亿万民众欢欣鼓舞，渴望新的时代。如果不是百姓乐于推举，天命所归，哪里是我能够独自决定的！因此我恭敬地顺应皇天神灵，俯从众人的议论，恭敬地把帝位禅让给你。晋朝的国运已尽，上天赐予的福禄永远终结。啊！宋王你要公正地秉持中正之道，恭敬地遵循典章训诫，满足天下百姓的美好愿望，让伟大的事业无穷无尽地发展，时时接受上天的庇佑，以回应天地人神灵的眷顾与期望。
同时还有玺书说：
听说上天生养万民，便为他们设立君主。帝王治世，实际上是为了天下的公道。国家的兴衰取决于功勋与德行，帝位的升降在于合适的人选。所以有的国家必然灭亡，其享国年数早有定数；朝代更替无常，圣哲之人掌握着天命的符兆。在远古时代，三位圣王相继，与四方诸侯商议，弘扬禅让的美德，先王的这些作为，永远成为后世无穷的典范。到了汉朝禅让，实际上是以唐尧为效法对象；曹魏终结时，也遵循了这一典制。我晋世祖正是顺应天命和人心，凭借有利时机而奠定国家基业的。然而世道并非永远太平，戎夷扰乱华夏，使我晋朝丧失了洛阳京城，国土退缩到长江以南，又接连遭遇厄运，沦陷的状况不断延续，到了元兴年间，终于使宗庙祭祀断绝。幸而依赖刘裕如神明般的武力，发扬光大高尚的气节，匡复我晋朝社稷，重新缔造我晋朝国家。宋王你圣德光明，效法上天而发扬光大，顺应天命而降生，悉心辅佐王室。在内解除国家危难，在外施展宏伟谋略，在汉阳诛杀首恶桓玄，在沂水边追捕僭越称帝的慕容超，肃清西岷的谯纵，平定南越的卢循，再次使江、湘地区安定，开拓平定樊城、沔水一带。至于你心怀天下，希望统一教化，王师一出发，伊水、洛水便清澈平静；在崤山、潼关展示军威，华山的云雾便消散，伪国君主献上玉玺投降，咸阳得以平定归顺。即使是古代彝器上铭刻的，诗书里咏唱的，功勋的盛大，没有能与你相比的。于是你停止战争，修明文教，广泛施行德政，用八统之法治理万民，用九职之法规范国家，一心想兼具三王的美德，施行四种善政。所以能使诚信显扬于天地之间，道义感动远方异域。自古以来所尊崇的地方，舟车所能到达之处，无不为你的仁德而歌颂，欢快地前来朝拜。
朕常常敬重地思考你的道义功勋，长久地观察天命符运，上天安排的帝王更替，确实就在你身上。所以五星运行有度，屡次显示出除旧布新的迹象；日月星三光协调相应，必然昭示出改朝换代的祥瑞。图谶所显示的祯祥瑞兆，清晰可见。再加上你容貌不凡，天庭饱满，天生异相，具备君主的特质，光彩如同日月。经传上说“只有天最伟大，只有尧能效法天”。《诗经》说“有天命从上天而降，命令这位文王”。那些有才能而暂居下位的人，最终会登上天子之位；功勋感通天地的人，必定会承受天子的大业。昔日土德衰败，国运传到我晋朝；如今历运改变，晋朝国运到此终结，又将以金德传位于宋。仰慕唐、虞、夏、商四代禅让的美义，借鉴朝代兴衰的定数，向众公卿咨询，乃至普通官员，都说这样做很好，无人违背朕的意愿。现在派遣使持节、兼太保、散骑常侍、光禄大夫司马澹，兼太尉、尚书刘宣范，恭敬地奉上皇帝玺绶，举行传位的大礼，一切都依照唐尧禅位给虞舜、东汉禅位给曹魏、曹魏禅位给晋朝的旧例进行。宋王你要顺应人神的意愿，君临天下万国，时时接受神灵的赐福，报答上天的恩命。
刘裕上表辞让，此时晋恭帝已经退位迁居到琅邪王的府邸，刘裕的表章无法呈递上去。于是陈留王曹虔嗣等二百七十人，以及宋国台阁的群臣，一同上表劝刘裕登上帝位，刘裕仍然不答应。太史令骆达陈述了几十条天文符瑞，群臣又坚决请求，刘裕这才同意。