生理构造

最具代表性的鱼类不仅拥有四足动物（如部分两栖动物、爬行动物以及哺乳动物）所具备的器官，同时也拥有十分独特的生理结构。例如，肌肉组织呈集束状，以便于游动。鱼类身体的大部分都由肌肉组织构成，因此其消化系统被压缩到身体前部。软骨鱼身体的内部结构与硬骨鱼类似，但还是有着某些重要的区别。

肌肉

肌肉组织能够让鱼类自主地活动，可以粗略地将其分为横纹肌或随意肌，内脏肌或非随意肌。

鱼类的消化道、呼吸道、循环系统以及腺体导管都是由平滑肌构成的。横纹肌的作用是负责鱼类的移动。肌肉组织由平行排列的细胞构成，通常会分区域固定在骨骼以及皮肤组织上，且垂直于结缔组织。肌肉细胞的长度是异质的，从头顶（身体前端）延伸到尾部（身体末端）。细胞的直径也不一致，相比之下，腹部的细胞更宽。肌肉组织的功能单元即肌肉细胞，含有胞浆（肌细胞胞浆）、细胞核、线粒体、细胞器和肌原纤维。肌原纤维含有收缩蛋白、肌动蛋白和肌球蛋白，负责肌肉的收缩。这些蛋白或纤维会以非常独特的方式交替排列，在显微镜下肌肉组织呈横纹状。通过解剖可以观察到，腹部的肌肉组织比其他部分的颜色更红，这是由于其含有肌原纤维。红色的肌肉富含肌红蛋白，可以吸收氧气，从而能够使肌肉长时间不疲劳地工作。因此，那些需要进行长途迁徙的鱼类（如金枪鱼、鳕鱼、旗鱼）会拥有更大比例的红色肌肉。透明的肌肉含肌红蛋白较少，吸收氧气能力差，容易感到疲劳，但是可以在短时间内提供强大的爆发力。然而，肌肉的缺氧会提高乳酸浓度。只有当乳酸含量减少后，这些白色肌肉才能够进行新的活动。那些运动量较少的鱼类，它们的肌肉基本都是透明的，红色肌肉的比例几乎可以忽略不计。

消化

鱼类的消化道与其他物种一样，是从口腔到咽、食道、小肠，并最终由肛门（某些软骨鱼和肺鱼则是泄殖腔）连接到身体外部。鱼类的咽部通过鳃腔室与外部连通，延伸至食道区域。食道具有很大的弹性，并且有分泌黏液的分泌腺，这有利于将食物运送到胃部。食道的横纹肌不但延展性良好，而且在必要时还具有反刍功能。

在某些情况下，鱼类胃肠的长度要大大超过身体长度。鱼类胃部生长呈“U”形、“Y”形、“V”形等，而肠道则弯曲生长。一些鱼类，如海马和全头鱼没有胃部结构，胃部的消化功能是由肠道代替完成的，因此它们的肠道会更长。肠道的长度还会受其他因素的影响，例如食物类型。肉食性鱼类的肠道通常较短，同时其内部褶皱较多，用以增加吸收面积；草食性鱼类的肠道则较长，且内部无阻碍食物运输的褶皱结构。

某些鱼类还拥有一个叫作幽门盲囊的麻袋状器官，长在肠道前面，参与消化过程。这些鱼类的肠道同样较短。鲨鱼、鳐鱼和银鲛在肠道最后一节长有一个阀线圈状的结构，呈螺旋形，这样的构造让它们拥有了更大的吸收面积。口腔中还有一些涉及消化过程的构造。硬骨鱼的舌头非常不发达，但是对于盲鳗和七鳃鳗来说，舌头的作用非常重要，可以用于存留食物以及捕获食物。其牙齿（与盾鳞结构同源）通常坚硬且锋利，作用是对食物进行初步的机械物理分解。但是鱼类无法像哺乳动物那样咀嚼，它们只能将食物切割成小块，或者干脆整个吞下。