华夏千年，伏妖一门分东西南北四派，由祖师爷真玄子所创。他将御木、御火、御金、御水之术分授四方，以镇守妖邪、护佑人间。伏妖门弟子多为孤儿弃婴，因煞气重利于修行；同时也接纳有缘之人。门派行事隐秘，弟子云游时若遇孤苦孩童，便带回培养。
四派各守其术，依祖师爷训诫，唯有四派联合，方能施展镇妖大阵。然而，南方火冲日派掌门人百里阔却打破了这一平衡。他痴迷炼丹，妄图长生，凭借御火之术与古籍钻研，成功炼制出益阳丹和净髓丹。净髓丹可增强法力，益阳丹更能延年益寿。百里阔虽已一百七十岁，却因服用丹药，外表仅五十余岁模样。但炼制益阳丹需大量妖丹，尤其以人道修为以上的妖丹为佳，这使得伏妖师们开始疯狂猎妖取丹，全然不顾祖师爷“善待善妖”的教诲。自此，人与妖的战火被点燃，恶妖藏匿，善妖也纷纷结盟自保，整个妖界与伏妖门陷入无尽厮杀。
一日，百里阔飞鸽传书，召集其他三派齐聚灵狐岛，意图夺取狐妖内丹。飞鸽传书是伏妖师特有的通信方式，以法术将话语封存于符文竹筒，既隐秘又安全。北方水为龟蛇派掌门人薛风不愿参与滥杀，严厉斥责百里阔，可部分龟蛇派弟子却受内丹诱惑，偷偷跟随前往。
三派三十艘大船浩浩荡荡开往灵狐岛。藏尾派着青色服饰，掌门衣饰绣金边青龙；啸山派米白衣衫，掌门服饰绣猛虎图腾；冲日派全员红衣，掌门衣衫镶金边朱雀，尽显华贵威严。此时的灵狐岛乌云密布，狂风骤雨，仿佛预示着即将到来的劫难。
岛上，狐祖感知危机，紧急召集族人。作为岛上唯一的狐仙，狐祖深知此战凶多吉少，当机立断：“灵狐岛数百年潜心修炼，从未祸害人间，如今却因内丹遭此大难！年长者与壮年留守抗敌，年幼者由春草、夏蝉、秋果、雪梅四位族长带领撤离！”
伏妖师们抵达后，被岛上三层法阵阻拦。面对坚不可摧的防御障，百里阔、李凹、吴柄仁三人强行施展需四人合力的引雷决。刹那间，海面波涛汹涌，天空乌云炸裂，三道闪电劈下，虽破了第一层阵法，三人却也浑身颤抖、大汗淋漓。
进入迷幻障后，伏妖师们陷入幻术，自相残杀。关键时刻，李凹的大弟子倪云赞挺身而出。他运起御木术，以符箓开道，驱散迷雾，成功破除第二层阵法。而第三层木偶障由草偶傀儡组成，不断重组，令众人束手无策。百里阔当即下令冲日派施展御火术，烈焰之下，草偶傀儡终成灰烬。
大阵既破，伏妖师们蜂拥而入，与留守的赤狐展开厮杀。藏尾派以木化剑，冲日派御火成兽，啸山派化金为器，所到之处，赤狐内丹被夺，身形消散。狐祖见状，腾空而起，蓝光凝聚，两掌便让众多伏妖师死伤惨重。百里阔祭出御火术，化作火龙；吴柄仁化出金塔；李凹甩出木飞刀，却均被狐祖化解。
此时，夏蝉发现孩子小七未撤离，冒险折返。狐祖见女儿现身，拼尽全力震退三大掌门，助其逃离。百里阔穷追不舍，一箭射伤夏蝉。狐祖悲愤交加，重创百里阔，却也被李凹、吴柄仁趁机用捆妖绳束缚。危急时刻，百里阔挣扎着御剑刺入狐祖胸口，随后，三派弟子在龟蛇派叛逃弟子的协助下，施展出乾坤印。金光与烈焰交织的巨印轰然落下，狐祖化作青烟，只留下散发蓝光的内丹，被百里阔贪婪收入囊中。
另一边，负责撤离的赤狐们也遭遇伏妖师围堵。雪梅战死，春草等人跳海逃生，却遭乱箭射杀。百里阔一声令下，灵狐岛陷入火海。夏蝉抱着小七，望着熊熊烈火，泪水混着雨水滑落。怀中的小七呜咽不止，她们的身影在火光中显得渺小而无助，而这场由贪婪引发的腥风血雨，也在妖界与伏妖门之间种下了更深的仇恨种子。